当機構では、下記の大学・研究機関等と包括連携協定を締結しております。また、連携大学院を設置し当機構と各大学との間で大学院の教育研究を通じて組織的に交流を図っております。

【包括連携】
国内大学（9校）

1. 東京海洋大学
2. 北海道大学
3. 長崎大学
4. 横浜国立大学
5. 東京大学
6. 北里大学
7. 鹿児島大学
8. 女子美術大学
9. 宮城大学

国内機関（4校）

1. 海洋研究開発機構
2. 理化学研究所
3. 東京動物園協会
4. 海上・港湾・航空技術研究所海上技術安全研究所

【連携大学院】

1. 北里大学
2. 高知大学
3. 東京海洋大学
4. 東京大学
5. 長崎大学
6. 三重大学